医学大数据挖掘系列课程

星***

医学大数据挖掘系列课程
　 4 基因表达甲基化识别肿瘤预后因子
　 6 多组转录组筛选癌症预后标志物
　 1 识别单基因家族在癌症中预后作用
　 5 癌症亚型间特异基因表达突变模式
　 3 识别自噬相关的预后标志物
　 2 识别DNA甲基化生物标志物
　 7 识别癌症lncRNA预后标志物
　　 多组转录组筛选癌症预后标志物
　　 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
　　 课时01.Part1&分析流程概述.avi
　　 课时07.数据和代码下载见pc端左下角参考资料.swf
　　 课时05.Part5&生存相关基因的识别和验证.avi
　　 课时03.Part3&批次效应校正及效果评估.avi
　　 课时04.Part4&差异表达分析.avi
　　 课时06.联合多组转录组数据筛选癌症预后标志物讲解.avi
　　 课时03.基因家族预后作用的识别.avi
　　 课时01.分析流程概述.avi
　　 课时02.在线工具简介.avi
　　 课时04.识别基因家族在癌症中的预后作用--资料.swf
　　 资料.zip
　　 生信套路分析-识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式
　　 课时09.识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式（程序补充）.avi
　　 课时01.Part1&分析流程概述.avi
　　 课时10.见本课程pc端左下角参考资料.swf
　　 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
　　 课时08.Part8&GEO数据集验证.avi
　　 课时06.Part6&亚型特异性体细胞突变.avi
　　 课时05.Part5&亚型的生物学过程.avi
　　 课时07.Part7&亚型的生物标志物.avi
　　 课时04.Part4&亚型特异性基因获取.avi
　　 课时03.Part3&识别分子亚型.avi
　　 基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子联合分析
　　 课时03.Part3&差异表达差异甲基化基因的获取.avi
　　 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
　　 课时06.基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子（代码补充）.avi
　　 课时05.Part5&DLL3基因表达水平验证.avi
　　 课时01.Part1&分析流程概述.avi
　　 课时07.代码和资料见pc端左下角参考资料.swf
　　 课时04.Part4&预后相关差异基因的识别.avi
　　　 数据预处理
　　　 最终程序
　　　 2ENSG.zip
　　　 RMA.zip
　　　 数据.zip
　　 识别自噬相关的预后标志物
　　 课时11.左下角-参考资料.swf
　　 课时04.Part4&自噬相关风险标记的识别.avi
　　 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
　　 课时05.Part5&自噬相关标记与临床信息的相关性.avi
　　 课时09.Part9&风险标记与基因突变的相关性.avi
　　 课时08.Part8&癌症预后风险预测.avi
　　 课时01.Part1&分析流程概述.avi
　　 课时10.识别自噬相关的预后标志物-程序讲解.avi
　　 课时07.Part7&独立预后标志物的验证.avi
　　 课时06.Part6&独立预后标志物的识别.avi
　　 课时03.Part3&自噬基因表达模式的识别.avi
　　 DNA甲基化标志物-代码和资料
　　 课时07.左下角-参考资料.swf
　　 课时05.生存相关基因和甲基化的识别.avi
　　 课时01.分析流程概述.avi
　　 课时06.识别DNA甲基化生物标志物（代码讲解）.avi
　　 课时02.数据获取及预处理.avi
　　 课时04.关键模块的识别.avi
　　 课时03.差异基因和甲基化的获取.avi
　　 lncRNA
　　 课时04.Part4&预后相关lncRNA的识别.avi
　　 课时03.Part3&差异表达lncRNA的获取.avi
　　 课时07.见本课程PC端左下角参考资料.swf
　　 课时06.基于lncRNA表达谱识别癌症潜在预后标志物(代码补充).avi
　　 课时01.Part1&分析流程概述.avi
　　 课时05.Part5&lncRNA验证及功能分析.avi
　　 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
　　　 资料
　　　 资料
　　　　 3.验证批次效应：主成分分析.R
　　　　 3.验证批次效应：线性回归.R
　　　　 2.探针匹配+基因组重注释.R
　　　　 4.差异表达.R
　　　　 5.利用正常样本对单cox进行验证.R
　　　　 5.利用TCGA数据对单cox结果验证.R
　　　　 5.单因素生存内部交叉验证.R
　　　　 1.数据预处理+去批次.R
　　　　 3.验证批次效应：热图.R
　　　　 6.多cox生存分析.R
　　　　 5.单因素生存分析.R
　　　 资料
　　　　 数据
　　　　 程序
　　　 资料
　　　 程序
　　　 Result
　　　 TCGA_data.rar
　　　　 程序
　　　　 数据
　　　　 数据
　　　　 程序
　　　　　 代码.R
　　　　　 mutsig
　　　　　 GSE417
　　　　　 GSE898
　　　　　 tcga
　　　　　 cluster.exe.lnk
　　　　　 TreeView-1.1.6r4-win.zip
　　　　　 gsea-3.0.jar
　　　　 数据
　　　　 程序
　　　　 Result
　　　　 Picture
　　　　 2-DifferentAnalysis.r
　　　　 1-DataProcess.r
　　　　 3-WGCNA.r
　　　　 4-Survival.r
　　　　　 3-关键基因验证.r
　　　　　 1-数据预处理.r
　　　　　 2-关键基因筛选.r
　　　　　 result
　　　　　 rawdata
　　　　　 mRNA差异表达分析
　　　　　 TCGA原始数据
　　　　　 差异甲基化分析
　　　　　 GSE16011原始数据
　　　　　 CGGA原始数据
　　　　　 生存
　　　　　 关键基因验证-DLL3
　　　　　 3个独立集验证.R
　　　　　 风险标记与基因突变.R
　　　　　 诺模图and校正曲线.R
　　　　　 高低风险组与临床信息.R
　　　　　 数据预处理.R
　　　　　 gsea-3.0.jar
　　　　　 独立预后因素.R
　　　　　 Cox.R
　　　　　　 EAC.output.txt
　　　　　　 result.txt
　　　　　　 mutation_type_dictionary_file.txt
　　　　　　 exome_full192.coverage.zip
　　　　　　 TCGA.ESCA.varscan.9dab6855-ba5e-4afb-b3a0-f034a6f82eb2.DR-10.0.somatic.maf
　　　　　　 gene.covariates.txt
　　　　　　 chr_files_hg19.rar
　　　　　 Result
　　　　　 rawdata.zip
　　　　　　 GSE13898_series_matrix.txt
　　　　　　 consensus002.png
　　　　　　 标准化-898.txt
　　　　　　 标准化-898_1.txt
　　　　　　 898_exp.gct
　　　　　　 标准化-898.atr
　　　　　　 express-898.txt
　　　　　　 标准化-898.cdt
　　　　　　 898-亚型.txt
　　　　　　 consensus014.png
　　　　　　 标准化-898.png
　　　　　　 898_sub.cls
　　　　　　 consensus011.png
　　　　　　 consensus001.png
　　　　　　 consensus003.png
　　　　　　 GPL4372.txt
　　　　　　 417_去掉样本.txt
　　　　　　 consensus015.png
　　　　　　 GPL6102-11574.txt
　　　　　　 consensus013.png
　　　　　　 consensus010.png
　　　　　　 consensus005.png
　　　　　　 consensus006.png
　　　　　　 consensus012.png
　　　　　　 consensus004.png
　　　　　　 consensus002.png
　　　　　　 标准化-417.txt
　　　　　　 consensus008.png
　　　　　　 consensus014.png
　　　　　　 consensus007.png
　　　　　　 express-417.txt
　　　　　　 标准化-417_1.txt
　　　　　　 consensus009.png
　　　　　　 GSE19417_series_matrix.txt
　　　　　　 consensus002.png
　　　　　　 consensus011.png
　　　　　　 diff_exp.txt
　　　　　　 consensus009.png
　　　　　　 HUPER_core_exp.atr
　　　　　　 HiSeqV2
　　　　　　 consensus005.png
　　　　　　 tcga_huatu_1.txt
　　　　　　 HUPER_core_exp.txt
　　　　　　 tcga-亚型.txt
　　　　　　 图片1.png
　　　　　　 tcga_huatu.txt
　　　　　　 consensus012.png
　　　　　　 ESCA_clinicalMatrix.txt
　　　　　　 eca-tcga.txt
　　　　　　 consensus004.png
　　　　　　 go_diff.txt
　　　　　　 WANG_core_exp.txt
　　　　　　 WANG_core.txt
　　　　　　 WANG_core_exp.cdt
　　　　　　 tcga-sub.txt
　　　　　　 diff.txt
　　　　　　 consensus010.png
　　　　　　 HUPER_core_exp.jtv
　　　　　　 HUPER_BREAST_BASAL_VS_LUMINAL_UP.gmt
　　　　　　 consensus003.png
　　　　　　 WANG_core_exp.atr
　　　　　　 consensus006.png
　　　　　　 consensus007.png
　　　　　　 HUPER_core_exp.png
　　　　　　 consensus013.png
　　　　　　 consensus008.png
　　　　　　 sample.cls
　　　　　　 HUPER_core_exp.cdt
　　　　　　 tcga_sub.cls
　　　　　　 gsea-tcga.gct
　　　　　　 consensus014.png
　　　　　　 consensus001.png
　　　　　　 consensus015.png
　　　　　　 WANG_core_exp.png
　　　　　　 WANG_BARRETTS_ESOPHAGUS_AND_ESOPHAGUS_CANCER_DN.gmt
　　　　　　 Rplot.png
　　　　　　 silhou.png
　　　　　　 tcga_exp.gct
　　　　　　 HUPER_core.txt
　　　　　　 WANG_core_exp.jtv
　　　　　　 标准化-tcga.txt
　　　　　　 kegg_diff.txt
　　　　　　 goujian.gmt
　　　　　 methy450_module_site.txt
　　　　　 Exp_module_gene.txt
　　　　　 Methy450_module_num.txt
　　　　　 Methy450_DEsite_gene.txt
　　　　　 Methy450_limma_all.txt
　　　　　 Methy450_module_trait_PandCor.txt
　　　　　 methy450_module_gene.txt
　　　　　 Methy450_survival_all.txt
　　　　　 Venn_differentanalysis.csv
　　　　　 Exp_survival_all.txt
　　　　　 Exp_module_num.txt
　　　　　 Methy450_module_site_PandCor.txt
　　　　　 Venn_WGCNA.csv
　　　　　 Exp_module_gene_PandCor.txt
　　　　　 Exp_limma_all.txt
　　　　　 Methy450_survival_select.txt
　　　　　 EXP_DEmRNA.txt
　　　　　 Exp_survival_select.txt
　　　　　 Clinical_table.txt
　　　　　 Methy450_DEsite.txt
　　　　　 Exp_module_trait_PandCor.txt
　　　　　 2-limma.R
　　　　　 1-探针表达谱到lncRNA标准化表达谱.R
　　　　　 5-生存分析.R
　　　　　 4-LASSO-lncRNA对GSE打分.R
　　　　　 3-LASSO.R
　　　　　　 gdac.broadinstitute.org_OV.Clinical_Pick_Tier1.Level_4.2016012800.0.0
　　　　　　 独立预后因素
　　　　　　 Cox
　　　　　　 自噬相关特征在分层数据
　　　　　　 临床信息
　　　　　　 主成分分析
　　　　　　 Firehose
　　　　　　 自噬相关微阵列表达谱
　　　　　　 三个独立的群组验证八基因预后标记
　　　　　　 图片
　　　　　　 风险标记与基因突变
　　　　　　 诺模图开发用于预测预后风险
　　　　　　
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/~e4183XviGs~


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