【基因学苑】生物信息培训VIP课程 - 带源码课件

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【基因学苑】生物信息培训VIP课程　- 带源码课件
├──  01生物信息入门
│　 └──  01生物信息入门.mp4
├──  02Linux基础
│　 ├──  02Linux介绍.mp4
│　 ├──  03Linux基础.mp4
│　 ├──  04目录结构.mp4
│　 ├──  05文件操作1.mp4
│　 ├──  06文件操作2.mp4
│　 ├──  07编辑脚本.mp4
│　 └──  08权限和任务管理.mp4
├──  03生物软件及数据库
│　 ├──  09生物软件简介.mp4
│　 ├──  10安装已编译软件.mp4
│　 ├──  11源代码编译.mp4
│　 ├──  12环境配置.mp4
│　 ├──  13bioconda.mp4
│　 ├──  14腾讯云安装软件.mp4
│　 ├──  15虚拟环境.mp4
│　 └──  16生物数据库管理.mp4
├──  04illumina测序原理及数据处理
│　 ├──  17测序数据下载.mp4
│　 ├──  18了解测序这件事.mp4
│　 ├──  19illumina测序原理之建库.mp4
│　 ├──  20illumina测序原理之测序.mp4
│　 ├──  21fastq文件介绍.mp4
│　 ├──  22fastq文件处理.mp4
│　 └──  23数据质控和过滤.mp4
├──  05pacbio测序原理及数据处理
│　 ├──  24pacbio测序原理.mp4
│　 └──  25pacbio数据处理.mp4
├──  06nanopore测序原理及数据处理
│　 ├──  26nanopore测序原理.mp4
│　 ├──  27碱基识别.mp4
│　 └──  28nanopore数据处理.mp4
├──  07解决软件报错
│　 └──  29解决软件报错.mp4
├──  08新冠病毒数据分析
│　 ├──  30新冠病毒测序.mp4
│　 ├──  31下载新冠病毒基因组序列.mp4
│　 ├──  32下载新冠分析数据库.mp4
│　 ├──  33新冠病毒快速鉴定.mp4
│　 ├──  34新冠参考基因组拼接.mp4
│　 ├──  35新冠病毒拼接结果验证.mp4
│　 ├──  36拼接新冠病毒基因组.mp4
│　 └──  37ArticNetWork流程.mp4
├──  09构建系统发育树
│　 ├──  38构建系统发育树.mp4
│　 ├──  39iTol美化系统发育树.mp4
│　 └──  40变种病毒识别.mp4
├──  10二代基因组拼接
│　 ├──  41了解基因组拼接.mp4
│　 ├──  42基因组拼接原理.mp4
│　 ├──  43kmer估计基因组大小.mp4
│　 ├──  44二代测序拼接算法.mp4
│　 └──  45二代测序拼接实战.mp4
├──  11拼接结果统计及评估
│　 ├──  46fasta格式文件介绍与处理.mp4
│　 ├──  47quast评估.mp4
│　 ├──  48busco评估.mp4
│　 └──  49tablet以及bandage评估.mp4
├──  12基因组拼接探索
│　 ├──  50基因组拼接探索.mp4
│　 └──  51混合拼接.mp4
├──  13三代测序基因组拼接
│　 ├──  52pacbio及nanopore基因组拼接.mp4
│　 ├──  53组装结果纠错.mp4
│　 ├──  54细菌完成图.mp4
│　 └──  55不同物种拼接练习.mp4
├──  14基因组序列分析
│　 ├──  56原核生物基因预测.mp4
│　 ├──  57真核生物基因预测.mp4
│　 ├──  58基因功能注释.mp4
│　 ├──  59ncRNA分析.mp4
│　 └──  60重复序列分析.mp4
├──  15序列比对
│　 ├──  61blast比对.mp4
│　 ├──  62blast使用案例.mp4
│　 └──  63全局比对.mp4
├──  16共线性分析
│　 ├──  64共线性分析.mp4
│　 └──  65MCScanX共线性分析.mp4
├──  17基因家族分析
│　 └──  66基因家族分析.mp4
├──  18测序数据比对
│　 ├──  67测序数据比对.mp4
│　 ├──  68段序列比对练习.mp4
│　 ├──  69长读长序列比对.mp4
│　 └──  70多重比对问题如何处理.mp4
├──  19sam和bam文件处理
│　 ├──  71sam和bam格式文件介绍.mp4
│　 ├──  72sam和bam处理案例（上）.mp4
│　 └──  73sam和bam处理案例（下）.mp4
├──  20Linux高级操作
│　 ├──  74生物信息常用文件格式.mp4
│　 ├──  75正则表达式.mp4
│　 ├──  76文件搜索.mp4
│　 ├──  77文本筛选grep.mp4
│　 └──  78文本编辑.mp4
├──  21表格处理
│　 ├──  79cut-sort-uniq.mp4
│　 ├──  80表格处理awk.mp4
│　 ├──  81bioawk.mp4
│　 ├──  82csvtk.mp4
│　 └──  83datamash.mp4
├──  22shell编程
│　 ├──  84shell变量.mp4
│　 ├──  85shell循环.mp4
│　 └──  86shell判断.mp4
├──  23生物信息分析服务器简介
│　 ├──  87服务器简介.mp4
│　 ├──  88硬件选购.mp4
│　 ├──  89安装操作系统.mp4
│　 ├──  90选择RAID.mp4
│　 ├──  91设置云服务器.mp4
│　 ├──  92yum工具.mp4
│　 └──  93磁盘操作.mp4
├──  24生物信息分析平台搭建
│　 ├──  100配置R语言分析环境.mp4
│　 ├──  101安装网络应用.mp4
│　 ├──  94基础环境配置.mp4
│　 ├──  95升级centos-stream.mp4
│　 ├──  96重置服务器练习.mp4
│　 ├──  97用户管理.mp4
│　 ├──  98配置生物软件.mp4
│　 └──  99配置生物数据库.mp4
├──  25ubuntu系统配置
│　 ├──  102ubuntu系统配置.mp4
│　 └──  103虚拟机安装ubuntu.mp4
├──  26R语言基础入门
│　 ├──  104R语言简介.mp4
│　 ├──  105R语言以及Rstudio安装.mp4
│　 ├──  106rstudio设置.mp4
│　 ├──  107开始使用R.mp4
│　 ├──  108R环境设置.mp4
│　 ├──  109R包管理.mp4
│　 └──  110文件操作.mp4
├──  27R数据结构
│　 ├──  111向量.mp4
│　 ├──  112向量索引.mp4
│　 ├──  113矩阵.mp4
│　 ├──  114数据框.mp4
│　 └──  115因子列表缺失数据.mp4
├──  28R数据处理
│　 ├──  116数据处理.mp4
│　 ├──  117数据转换.mp4
│　 ├──  118随机抽样以及数据探索.mp4
│　 ├──  119分组计算以及数据透视表.mp4
│　 ├──  120tidyverse.mp4
│　 └──  121dplyr数据处理.mp4
├──  29R统计检验
│　 ├──  122独立性卡方检验.mp4
│　 ├──  123独立性t检验.mp4
│　 └──  124相关性检验.mp4
├──  30R统计建模
│　 ├──  125统计建模.mp4
│　 ├──  126购物篮分析.mp4
│　 └──  127机器学习预测乳腺癌.mp4
├──  31R基础绘图
│　 ├──  128R语言技巧.mp4
│　 ├──  129R基础绘图.mp4
│　 ├──  130直方图.mp4
│　 ├──  131饼图以及扇形图.mp4
│　 ├──  132条形图以及分组条形图.mp4
│　 ├──  133箱线图以及小提琴图.mp4
│　 ├──  134韦恩图.mp4
│　 └──  135绘图布局.mp4
├──  32ggplot2绘图
│　 ├──  136ggplot2绘图.mp4
│　 ├──  137ggplot2散点图直方图条形图.mp4
│　 ├──  138ggplot2分组条形图以及箱线图.mp4
│　 ├──  139ggplot2小提琴图以及主题设置.mp4
│　 ├──  140ggplot2扩展.mp4
│　 └──  141科学文献绘图.mp4
├──  33基因表达调控简介
│　 ├──  142基因表达调控.mp4
│　 ├──  143GEO数据库简介.mp4
│　 └──  144关于基因的概念.mp4
├──  34RNAseq概述
│　 ├──  145RNAseq简介.mp4
│　 ├──  146RNAseq原理.mp4
│　 ├──  147RNAseq建库方法.mp4
│　 ├──  148RNAseq不同测序平台比较.mp4
│　 └──  149RNAseq定量方法.mp4
├──  35RNAseq分析
│　 ├──  150RNAseq分析环境搭建.mp4
│　 ├──  151Bioconductor.mp4
│　 ├──  152下载参考序列.mp4
│　 ├──  153下载练习数据.mp4
│　 ├──  154数据质控过滤.mp4
│　 ├──  155hisat2建立索引.mp4
│　 ├──  156hisat2比对.mp4
│　 ├──  157featureCounts计数.mp4
│　 ├──  158STAR比对.mp4
│　 └──  159HTSeq-count计数.mp4
├──  36利用R分析RNAseq数据
│　 ├──  160DESeq2分析RNAseq数据.mp4
│　 ├──  161DESeq2练习.mp4
│　 ├──  162edgeR分析RNAseq数据.mp4
│　 └──  163edgeR练习.mp4
├──  37差异表达基因注释以及富集分析
│　 ├──  164差异表达基因功能注释.mp4
│　 ├──  165富集分析.mp4
│　 ├──  166注释富集练习.mp4
│　 ├──  167非模式生物注释富集.mp4
│　 └──  168GSEA分析.mp4
├──  38单细胞测序概述
│　 ├──  169单细胞测序概述.mp4
│　 ├──  170单细胞测序原理.mp4
│　 └──  171_10xgenomics资源以及常见问题.mp4
├──  39单细胞测序数据分析
│　 ├──  172单细胞分析环境搭建.mp4
│　 ├──  173利用cellranger分析单细胞数据.mp4
│　 ├──  174结果解读.mp4
│　 ├──  175LoupeBrowser.mp4
│　 └──  176_10x练习数据.mp4
├──  40利用Seurat分析单细胞数据
│　 ├──  177安装Seurat.mp4
│　 ├──  178Seurat读取数据.mp4
│　 ├──  179质控过滤以及标准化.mp4
│　 ├──  180聚类.mp4
│　 ├──  181细胞亚群分类.mp4
│　 ├──  182寻找marker基因以及细胞鉴定.mp4
│　 └──  183Seurat练习.mp4
├──  43空间转录组
│　 └──  192空间转录组.mp4
├──  44宏基因组简介
│　 ├──  193宏基因组简介.mp4
│　 └──  194宏基因组建库测序.mp4
├──  45宏基因组分析环境搭建
│　 ├──  195宏基因组分析环境搭建.mp4
│　 └──  196国内镜像下载宏基因组数据库.mp4
├──  46三代nanopore测序宏基因组数据分析
│　 ├──  197物种分类原理.mp4
│　 ├──  198centrifuge安装.mp4
│　 ├──  199centrifuge数据库.mp4
│　 ├──  200三代测序宏基因组物种分类鉴定.mp4
│　 ├──  201pavian结果可视化.mp4
│　 └──  202物种分类练习.mp4
├──  47临床病原微生物检测
│　 ├──  203临床样本病原微生物检测.mp4
│　 └──  204批量进行致病菌鉴定.mp4
├──  48二代宏基因组测序数据分析
│　 ├──  205二代宏基因组分析软件安装.mp4
│　 ├──  206二代宏基因组分析数据库下载.mp4
│　 ├──  207kneaddata质控.mp4
│　 ├──  208metaphlan物种分类.mp4
│　 └──  209humann功能分析.mp4
├──  49宏基因组分析结果可视化
│　 ├──  210megan物种分类结果可视化.mp4
│　 └──  211stamp分组比较.mp4
├──  50二代宏基因组拼接
│　 ├──  212二代宏基因组模拟数据拼接.mp4
│　 └──  213二代宏基因组真实数据拼接.mp4
├──  51三代纳米孔宏基因组拼接
│　 ├──  214三代纳米孔宏基因组拼接.mp4
│　 ├──  215nanopore模拟数据拼接.mp4
│　 ├──  216nanopore宏基因组真实数据拼接.mp4
│　 └──  217纳米孔组装纠错.mp4
├──  52宏基因组功能分析
│　 ├──  218宏基因组基因预测.mp4
│　 ├──  219cdhit去冗余.mp4
│　 ├──  220宏基因组基因功能注释.mp4
│　 └──  221宏基因组定量分析.mp4
├──  53metawrap分箱
│　 ├──  222metawrap分箱.mp4
│　 ├──  223metawrap配置.mp4
│　 └──  224metawrap案例.mp4
├──  54扩增子分析简介
│　 ├──  225扩增子测序简介.mp4
│　 ├──  226OTU还是ASV？.mp4
│　 ├──  227alpha和beta多样性.mp4
│　 ├──  228.16S分析环境搭建.mp4
│　 ├──  229metadata.mp4
│　 └──  230探索16S序列.mp4
├──  55利用qime2分析16S数据
│　 ├──  231qiime2简介.mp4
│　 ├──  232qiime2导入数据.mp4
│　 ├──  233qiime2实战.mp4
│　 ├──  234多样性分析.mp4
│　 ├──  235物种分类鉴定及可视化.mp4
│　 └──  236不同组间丰度差异比较.mp4
├──  56利用R分析16S数据
│　 ├──  237拆分barcode.mp4
│　 ├──  238利用dada2处理16S数据.mp4
│　 ├──  239dada2物种分类鉴定.mp4
│　 ├──  240dada2练习案例.mp4
│　 ├──  241利用phyloseq可视化结果.mp4
│　 └──  242.16S功能分析.mp4
├──  57人基因变异检测
│　 ├──  243人基因组分析简介.mp4
│　 ├──  244全基因组与外显子和panel测序.mp4
│　 ├──  245参考序列的影响.mp4
│　 └──  246拼接与reads比对方法比较.mp4
├──  58人基因组数据分析环境搭建
│　 ├──  247人基因组分析环境搭建.mp4
│　 └──  248瓶中基因组.mp4
├──  59二代测序变异检测
│　 ├──  249gatk简介.mp4
│　 ├──  250变异检测原理.mp4
│　 ├──  251生成bam.mp4
│　 ├──  252bam文件处理.mp4
│　 ├──  253gatk变异检测.mp4
│　 ├──  254外显子与panel数据分析.mp4
│　 ├──  255vcf文件.mp4
│　 └──  256snp注释.mp4
├──  60三代纳米孔变异检测
│　 ├──  257纳米孔测序变异检测原理.mp4
│　 ├──  258纳米孔数据比对.mp4
│　 └──  259纳米孔测序SNP与SV检测.mp4
└──  61igv变异可视化
　　└──  260igv变异可视化.mp4
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