【基因学苑】生物信息培训VIP课程 - 带源码课件
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├──01生物信息入门
│ └──01生物信息入门.mp4
├──02Linux基础
│ ├──02Linux介绍.mp4
│ ├──03Linux基础.mp4
│ ├──04目录结构.mp4
│ ├──05文件操作1.mp4
│ ├──06文件操作2.mp4
│ ├──07编辑脚本.mp4
│ └──08权限和任务管理.mp4
├──03生物软件及数据库
│ ├──09生物软件简介.mp4
│ ├──10安装已编译软件.mp4
│ ├──11源代码编译.mp4
│ ├──12环境配置.mp4
│ ├──13bioconda.mp4
│ ├──14腾讯云安装软件.mp4
│ ├──15虚拟环境.mp4
│ └──16生物数据库管理.mp4
├──04illumina测序原理及数据处理
│ ├──17测序数据下载.mp4
│ ├──18了解测序这件事.mp4
│ ├──19illumina测序原理之建库.mp4
│ ├──20illumina测序原理之测序.mp4
│ ├──21fastq文件介绍.mp4
│ ├──22fastq文件处理.mp4
│ └──23数据质控和过滤.mp4
├──05pacbio测序原理及数据处理
│ ├──24pacbio测序原理.mp4
│ └──25pacbio数据处理.mp4
├──06nanopore测序原理及数据处理
│ ├──26nanopore测序原理.mp4
│ ├──27碱基识别.mp4
│ └──28nanopore数据处理.mp4
├──07解决软件报错
│ └──29解决软件报错.mp4
├──08新冠病毒数据分析
│ ├──30新冠病毒测序.mp4
│ ├──31下载新冠病毒基因组序列.mp4
│ ├──32下载新冠分析数据库.mp4
│ ├──33新冠病毒快速鉴定.mp4
│ ├──34新冠参考基因组拼接.mp4
│ ├──35新冠病毒拼接结果验证.mp4
│ ├──36拼接新冠病毒基因组.mp4
│ └──37ArticNetWork流程.mp4
├──09构建系统发育树
│ ├──38构建系统发育树.mp4
│ ├──39iTol美化系统发育树.mp4
│ └──40变种病毒识别.mp4
├──10二代基因组拼接
│ ├──41了解基因组拼接.mp4
│ ├──42基因组拼接原理.mp4
│ ├──43kmer估计基因组大小.mp4
│ ├──44二代测序拼接算法.mp4
│ └──45二代测序拼接实战.mp4
├──11拼接结果统计及评估
│ ├──46fasta格式文件介绍与处理.mp4
│ ├──47quast评估.mp4
│ ├──48busco评估.mp4
│ └──49tablet以及bandage评估.mp4
├──12基因组拼接探索
│ ├──50基因组拼接探索.mp4
│ └──51混合拼接.mp4
├──13三代测序基因组拼接
│ ├──52pacbio及nanopore基因组拼接.mp4
│ ├──53组装结果纠错.mp4
│ ├──54细菌完成图.mp4
│ └──55不同物种拼接练习.mp4
├──14基因组序列分析
│ ├──56原核生物基因预测.mp4
│ ├──57真核生物基因预测.mp4
│ ├──58基因功能注释.mp4
│ ├──59ncRNA分析.mp4
│ └──60重复序列分析.mp4
├──15序列比对
│ ├──61blast比对.mp4
│ ├──62blast使用案例.mp4
│ └──63全局比对.mp4
├──16共线性分析
│ ├──64共线性分析.mp4
│ └──65MCScanX共线性分析.mp4
├──17基因家族分析
│ └──66基因家族分析.mp4
├──18测序数据比对
│ ├──67测序数据比对.mp4
│ ├──68段序列比对练习.mp4
│ ├──69长读长序列比对.mp4
│ └──70多重比对问题如何处理.mp4
├──19sam和bam文件处理
│ ├──71sam和bam格式文件介绍.mp4
│ ├──72sam和bam处理案例（上）.mp4
│ └──73sam和bam处理案例（下）.mp4
├──20Linux高级操作
│ ├──74生物信息常用文件格式.mp4
│ ├──75正则表达式.mp4
│ ├──76文件搜索.mp4
│ ├──77文本筛选grep.mp4
│ └──78文本编辑.mp4
├──21表格处理
│ ├──79cut-sort-uniq.mp4
│ ├──80表格处理awk.mp4
│ ├──81bioawk.mp4
│ ├──82csvtk.mp4
│ └──83datamash.mp4
├──22shell编程
│ ├──84shell变量.mp4
│ ├──85shell循环.mp4
│ └──86shell判断.mp4
├──23生物信息分析服务器简介
│ ├──87服务器简介.mp4
│ ├──88硬件选购.mp4
│ ├──89安装操作系统.mp4
│ ├──90选择RAID.mp4
│ ├──91设置云服务器.mp4
│ ├──92yum工具.mp4
│ └──93磁盘操作.mp4
├──24生物信息分析平台搭建
│ ├──100配置R语言分析环境.mp4
│ ├──101安装网络应用.mp4
│ ├──94基础环境配置.mp4
│ ├──95升级centos-stream.mp4
│ ├──96重置服务器练习.mp4
│ ├──97用户管理.mp4
│ ├──98配置生物软件.mp4
│ └──99配置生物数据库.mp4
├──25ubuntu系统配置
│ ├──102ubuntu系统配置.mp4
│ └──103虚拟机安装ubuntu.mp4
├──26R语言基础入门
│ ├──104R语言简介.mp4
│ ├──105R语言以及Rstudio安装.mp4
│ ├──106rstudio设置.mp4
│ ├──107开始使用R.mp4
│ ├──108R环境设置.mp4
│ ├──109R包管理.mp4
│ └──110文件操作.mp4
├──27R数据结构
│ ├──111向量.mp4
│ ├──112向量索引.mp4
│ ├──113矩阵.mp4
│ ├──114数据框.mp4
│ └──115因子列表缺失数据.mp4
├──28R数据处理
│ ├──116数据处理.mp4
│ ├──117数据转换.mp4
│ ├──118随机抽样以及数据探索.mp4
│ ├──119分组计算以及数据透视表.mp4
│ ├──120tidyverse.mp4
│ └──121dplyr数据处理.mp4
├──29R统计检验
│ ├──122独立性卡方检验.mp4
│ ├──123独立性t检验.mp4
│ └──124相关性检验.mp4
├──30R统计建模
│ ├──125统计建模.mp4
│ ├──126购物篮分析.mp4
│ └──127机器学习预测乳腺癌.mp4
├──31R基础绘图
│ ├──128R语言技巧.mp4
│ ├──129R基础绘图.mp4
│ ├──130直方图.mp4
│ ├──131饼图以及扇形图.mp4
│ ├──132条形图以及分组条形图.mp4
│ ├──133箱线图以及小提琴图.mp4
│ ├──134韦恩图.mp4
│ └──135绘图布局.mp4
├──32ggplot2绘图
│ ├──136ggplot2绘图.mp4
│ ├──137ggplot2散点图直方图条形图.mp4
│ ├──138ggplot2分组条形图以及箱线图.mp4
│ ├──139ggplot2小提琴图以及主题设置.mp4
│ ├──140ggplot2扩展.mp4
│ └──141科学文献绘图.mp4
├──33基因表达调控简介
│ ├──142基因表达调控.mp4
│ ├──143GEO数据库简介.mp4
│ └──144关于基因的概念.mp4
├──34RNAseq概述
│ ├──145RNAseq简介.mp4
│ ├──146RNAseq原理.mp4
│ ├──147RNAseq建库方法.mp4
│ ├──148RNAseq不同测序平台比较.mp4
│ └──149RNAseq定量方法.mp4
├──35RNAseq分析
│ ├──150RNAseq分析环境搭建.mp4
│ ├──151Bioconductor.mp4
│ ├──152下载参考序列.mp4
│ ├──153下载练习数据.mp4
│ ├──154数据质控过滤.mp4
│ ├──155hisat2建立索引.mp4
│ ├──156hisat2比对.mp4
│ ├──157featureCounts计数.mp4
│ ├──158STAR比对.mp4
│ └──159HTSeq-count计数.mp4
├──36利用R分析RNAseq数据
│ ├──160DESeq2分析RNAseq数据.mp4
│ ├──161DESeq2练习.mp4
│ ├──162edgeR分析RNAseq数据.mp4
│ └──163edgeR练习.mp4
├──37差异表达基因注释以及富集分析
│ ├──164差异表达基因功能注释.mp4
│ ├──165富集分析.mp4
│ ├──166注释富集练习.mp4
│ ├──167非模式生物注释富集.mp4
│ └──168GSEA分析.mp4
├──38单细胞测序概述
│ ├──169单细胞测序概述.mp4
│ ├──170单细胞测序原理.mp4
│ └──171_10xgenomics资源以及常见问题.mp4
├──39单细胞测序数据分析
│ ├──172单细胞分析环境搭建.mp4
│ ├──173利用cellranger分析单细胞数据.mp4
│ ├──174结果解读.mp4
│ ├──175LoupeBrowser.mp4
│ └──176_10x练习数据.mp4
├──40利用Seurat分析单细胞数据
│ ├──177安装Seurat.mp4
│ ├──178Seurat读取数据.mp4
│ ├──179质控过滤以及标准化.mp4
│ ├──180聚类.mp4
│ ├──181细胞亚群分类.mp4
│ ├──182寻找marker基因以及细胞鉴定.mp4
│ └──183Seurat练习.mp4
├──43空间转录组
│ └──192空间转录组.mp4
├──44宏基因组简介
│ ├──193宏基因组简介.mp4
│ └──194宏基因组建库测序.mp4
├──45宏基因组分析环境搭建
│ ├──195宏基因组分析环境搭建.mp4
│ └──196国内镜像下载宏基因组数据库.mp4
├──46三代nanopore测序宏基因组数据分析
│ ├──197物种分类原理.mp4
│ ├──198centrifuge安装.mp4
│ ├──199centrifuge数据库.mp4
│ ├──200三代测序宏基因组物种分类鉴定.mp4
│ ├──201pavian结果可视化.mp4
│ └──202物种分类练习.mp4
├──47临床病原微生物检测
│ ├──203临床样本病原微生物检测.mp4
│ └──204批量进行致病菌鉴定.mp4
├──48二代宏基因组测序数据分析
│ ├──205二代宏基因组分析软件安装.mp4
│ ├──206二代宏基因组分析数据库下载.mp4
│ ├──207kneaddata质控.mp4
│ ├──208metaphlan物种分类.mp4
│ └──209humann功能分析.mp4
├──49宏基因组分析结果可视化
│ ├──210megan物种分类结果可视化.mp4
│ └──211stamp分组比较.mp4
├──50二代宏基因组拼接
│ ├──212二代宏基因组模拟数据拼接.mp4
│ └──213二代宏基因组真实数据拼接.mp4
├──51三代纳米孔宏基因组拼接
│ ├──214三代纳米孔宏基因组拼接.mp4
│ ├──215nanopore模拟数据拼接.mp4
│ ├──216nanopore宏基因组真实数据拼接.mp4
│ └──217纳米孔组装纠错.mp4
├──52宏基因组功能分析
│ ├──218宏基因组基因预测.mp4
│ ├──219cdhit去冗余.mp4
│ ├──220宏基因组基因功能注释.mp4
│ └──221宏基因组定量分析.mp4
├──53metawrap分箱
│ ├──222metawrap分箱.mp4
│ ├──223metawrap配置.mp4
│ └──224metawrap案例.mp4
├──54扩增子分析简介
│ ├──225扩增子测序简介.mp4
│ ├──226OTU还是ASV？.mp4
│ ├──227alpha和beta多样性.mp4
│ ├──228.16S分析环境搭建.mp4
│ ├──229metadata.mp4
│ └──230探索16S序列.mp4
├──55利用qime2分析16S数据
│ ├──231qiime2简介.mp4
│ ├──232qiime2导入数据.mp4
│ ├──233qiime2实战.mp4
│ ├──234多样性分析.mp4
│ ├──235物种分类鉴定及可视化.mp4
│ └──236不同组间丰度差异比较.mp4
├──56利用R分析16S数据
│ ├──237拆分barcode.mp4
│ ├──238利用dada2处理16S数据.mp4
│ ├──239dada2物种分类鉴定.mp4
│ ├──240dada2练习案例.mp4
│ ├──241利用phyloseq可视化结果.mp4
│ └──242.16S功能分析.mp4
├──57人基因变异检测
│ ├──243人基因组分析简介.mp4
│ ├──244全基因组与外显子和panel测序.mp4
│ ├──245参考序列的影响.mp4
│ └──246拼接与reads比对方法比较.mp4
├──58人基因组数据分析环境搭建
│ ├──247人基因组分析环境搭建.mp4
│ └──248瓶中基因组.mp4
├──59二代测序变异检测
│ ├──249gatk简介.mp4
│ ├──250变异检测原理.mp4
│ ├──251生成bam.mp4
│ ├──252bam文件处理.mp4
│ ├──253gatk变异检测.mp4
│ ├──254外显子与panel数据分析.mp4
│ ├──255vcf文件.mp4
│ └──256snp注释.mp4
├──60三代纳米孔变异检测
│ ├──257纳米孔测序变异检测原理.mp4
│ ├──258纳米孔数据比对.mp4
│ └──259纳米孔测序SNP与SV检测.mp4
└──61igv变异可视化
└──260igv变异可视化.mp4
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